Atraviesa todo el municipio de San Pablo Jocopilas, nace como riachuelo de las montañas de la Sierra Madre, específicamente de las faldas del volcán Pecul, al unirse con las aguas del río lacal toma fuerza sus corrientes.

Sus aguas son cristalinas que los pobladores hace un par de décadas las usaban para lavar ropa, inclusive como balneario en todas las épocas, especialmente en los días festivos como las fiestas de fin de año, semana santa u otras.

Según algunos pobladores (ANCIANOS) en las orillas del río ixtacapa existen sitios mitológicos (Nahualt).

Se realizó el análisis de amenazas naturales por inestabilidad de laderas, inundaciones, ocurrencia de flujos piroclásticos y lahares, con el propósito de cuantificar el impacto que estos fenómenos tienen sobre las más de 300,000 personas que habitan la región. La dinámica geohidrológica de la cuenca del Río Samalá (de 1,500 km2) y del complejo volcánico Santa María-Santiaguito provoca la ocurrencia periódica de oleadas y flujos piroclásticos, lahares e inundaciones repentinas (flash floods) que afectan la infraestructura básica (Carretera Panamericana y Puente “Castillo Armas”), centros poblados (principalmente San Felipe, San Sebastián y Retalhuleu) y, en general, la actividad agrícola y ganadera de la región.

Para la determinación de las planicies de inundación del rio Samalá se utilizó el método clásico de cálculo de caudales máximos a partir del procesamiento de series de datos históficos para períodos de 100, 50, 25 y 10 años del propio río o cuencas vecinas. Los caudales se utilizaron para un modelado espacial por medio del programa HEC-RAS. Se logró determinar que las crecidas máximas del rio Samalá no afectan directamente a San Sebastián, pero pueden provocar enormes daños a la Carretera Panamericana.

Sus orígenes están por Sibilia, San Carlos Sija y San Francisco el Alto, recibiendo numerosos afluentes; penetra al departamento de Quetzaltenango por Salcajá, con una anchura media de 15 m, por uno de profundidad.

Pasa por Zunil en terrenos sumamente quebrados formando cascadas y arrastrando gran cantidad de piedra y arena. Entra en el departamento de Retalhuleu, entre El Palmar y San Felipe, desemboca en el Pacífico, en el lugar donde estuvo el puerto de San Luis que se destruyó durante la erupción del Santa María en 1902.

Mueve molinos de trigo en Totonicapán, San Cristóbal y Cantel, donde también, da fuerza a la fábrica de hilados y tejidos. En Zunil y Santa María de Jesús mueve la hidroeléctrica que proporciona la energía de que goza casi todo Occidente.

Es el más largo y caudaloso de la cuenca del Pacífico. Su principal afluente es el Xequijel o Siguilá.

El río Samalá tiene una longitud de 145 km. Su cuenca tiene una superficie de 1,510 km² en la que vive una población de aproximadamente 400,000 habitantes. Su proximidad al complejo volcánico Santa María – Santiaguito, con sus flujos de lava y lahar, resulta en un elevado riesgo de serias inundaciones.